Dépendants prioritairement de la qualité et de la disponibilité de la ressource en eau et spécifiquement des eaux de nappes, les lagunes sont des milieux fragiles et vulnérables. La disparition de nombreuses lagunes pendant les dernières décennies invite à enrayer efficacement ce phénomène en préservant les lagunes existantes avec l'aide des acteurs locaux publics et privés. Il s’agit d’une des mesures phares de la charte 2014-2026 du Parc naturel régional.
En périphérie immédiate du site, la sylviculture de Pin maritime assure un écrin forestier aux lagunes. En retour, les lagunes et leurs niveaux d'eau peuvent être de bons indicateurs pour le forestier pour connaître l'état de la ressource en eau dans la nappe superficielle, et contribuer à la régulation des eaux par rétention. De façon générale, les landes les plus humides associées aux lagunes et les lagunes elles-mêmes sont aujourd'hui dissociées de toute tentative de mise en culture de pins. Des aménagements de type piste ont pu, ou ponctuellement peuvent encore, impacter les lagunes.
Les travaux forestiers d'assainissement, et parfois la connexion artificielle des eaux de drainage aux lagunes, contribuent à modifier le fonctionnement hydraulique naturel des lagunes, accélérant ou bloquant les dynamiques naturelles d'évolution.
Les lagunes peuvent encore être fragilisées par leur méconnaissance, ou tout du moins par la méconnaissance des dégradations provoquées par les réseaux d’assainissement et de collecte des eaux (fossés bordiers de pistes et de routes) et potentiellement par les captages (eau potable, irrigation).
Collectivités et documents d'urbanisme
Lors de l'élaboration ou la révision des PLU et SCOT, la mise en avant des lagunes dans l’analyse de l’état initial de l’environnement répond à l’engagement des collectivités de reconnaître leur caractère exceptionnel pour pouvoir participer à leur préservation. Leur détourage avec une zone tampon, et leur inscription en zone naturelle dans les documents graphiques du PLU est un préalable à leur préservation.
La gestion de la zone tampon, afin de limiter les drainages, d’interdire les affouillements de sols et les remblais, les dépôts de toute nature, les aménagements inadaptés,… s’inscrit dans les grandes orientations définies dans le document d’objectif Natura 2000 et la charte du PNRLG.
Le Parc peut répondre aux sollicitations de la commune pour parfaire la prise en compte de Natura 2000 dans sa politique locale et forestière. La mobilisation des propriétaires privés volontaires reste au demeurant un levier essentiel pour assurer la protection du plus grand nombre de lagunes.