Le Val de l’Eyre accueille un vaste écosystème fluvial tout à fait singulier et remarquable à l’échelle européenne, reposant sur le fonctionnement naturel d’un hydrosystème encore bien préservé d’eaux principalement oligo-mésotrophes.
Le caractère sauvage de la vallée, avec seul le Domaine Public fluvial en partie navigable en canoë-kayak, les bassins versants couverts principalement par la forêt, la rareté des bourgs sur les berges et des rejets maîtrisés... tous ces facteurs contribuent à la préservation de végétations aquatiques singulières, propres aux eaux faiblement minéralisées et acides.
Les associations végétales connues sur la Leyre sont nombreuses et toutes n'ont pas été caractérisées sur le territoire. Ces groupements végétaux sont rattachés pour la plupart à l'un des sept habitats Natura 2000 suivants, bien caractéristiques de la diversité des paysages aquatiques d'amont en aval :
- 3110 : Eaux oligotrophes très peu minéralisées des plaines sablonneuses (Littorelletea uniflorae) - Mauvais état de conservation en Europe
- 3130 : Eaux stagnantes, oligotrophes à mésotrophes avec végétation du Littorelletea uniflorae et/ou du Isoëto-Nanojuncetea - Etat de conservation défavorable en Europe
- 3140 : Eaux oligomésotrophes calcaires avec végétation benthique à Chara spp.
- Mauvais état de conservation en Europe
- 3150 : Eaux oligomésotrophes calcaires avec végétation du Magnopotamion ou de l'Hydrocharition - Mauvais état de conservation en Europe
- 3160 : Lacs et mares dystrophes naturels - Etat de conservation défavorable en Europe
- 3260 : Rivières des étages planitiaire à montagnard avec végétation du Ranunculion fluitantis et du Callitricho-Batrachion - Mauvais état de conservation en Europe
- 3270 : Rivières avec berges vaseuses avec végétation du Chenopodion rubri p.p. et du Bidention p.p. - Mauvais état de conservation en Europe
L'évaluation de l'état de conservation est tiré de l'évaluation sur la période 2007-2012 produite à l'échelle européenne, pour chaque pays et chaque domaine biogéographique. Les sites Natura 2000 du PNRLG sont rattachés au domaine atlantique. Plus d'informations sur ce site : EIONET.